В новой части игры Deus Ex вы выступаете в роли Адама Дженсена, элитного сотрудника службы безопасности, который был найден и подобран одной из самых эмпирических компаний по биотехнологиям Америки. В вашу задачу теперь входит оборона секретов компании, но когда неопознанная группа солдат вламывается и убивает самых ценных ученых, защита которых лежала полностью на Адаме, всё что он знал о своей работе кардинально меняется.