Главным героем Assassin’s Creed 4: Black Flag является молодой пират по имени Эдвард Кенуэй. Мать Эдварда из Уэллса, а отец англичанин. Подростком вместе с семьей главный герой переехал в Бристоль, где и встретил свою любовь по имени Каролина Скотт. Свадьба не заставила долго ждать, однако жизнь в браке продлилась недолго, Каролина не выдержала горячий характер мужа и ушла, а Эдвард решил исполнить давнюю мечту, стать капером. В 1712 году Кенуэй уплыл на Ямайку, где стал членом экипажа на корабле Бенджамина Хорниголда.
1713 год положил конец каперству Утрехтским договором и бывшие наемники подались в пираты. Одним из них был Кенуэй. Именно на Карибских островах пираты организовали собственную республику жестокости и беззакония, где немалым авторитетом пользовался юный капитан Кенуэй. Главный герой оказывается втянутым в древнее противостояние ассасинов и тамплиеров, которое может уничтожить все, что было создано пиратами. Эдварду предстоит обучиться мастерству ассасинов и приняться за уничтожение тамплиеров во имя всего, что ему дорого.